使用KnitR以编程方式在R中创buildMarkdown表
我刚开始学习KnitR和使用Markdown生成R文档和报告。 这对于我日常工作中的很多日常报道来说是非常完美的。 然而，我没有看到的一件事是使用Markdown格式打印数据框架和表格的简单方法（有点像xtable ，但是使用Markdown而不是LaTeX或HTML）。 我知道我可以embedded从xtable的HTML输出，但我想知道是否有任何基于Markdown的解决scheme？
现在knitr （从版本1.3开始）包包括创build表的kable函数：
> library(knitr) > kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown") | Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length| |-------------:|------------:|-------------:| | 5,1| 3,5| 1,4| | 4,9| 3,0| 1,4| | 4,7| 3,2| 1,3| | 4,6| 3,1| 1,5| | 5,0| 3,6| 1,4| | 5,4| 3,9| 1,7|
更新 ：如果您在文档中获得原始降价尝试安装results = "asis"块选项。
两个将做到这一点的包是pander
library(devtools) install_github('pander', 'Rapporter')
或ascii
pander是一个稍微不同的方法来报告build设，（但可以是有用的这个function）。
ascii将允许您使用type = 'pandoc （或各种其他降价风格） print ，
library(ascii) print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc') **Sepal.Length** **Sepal.Width** **Petal.Length** --- ------------------ ----------------- ------------------ 1 5.10 3.50 1.40 2 4.90 3.00 1.40 3 4.70 3.20 1.30 4 4.60 3.10 1.50 5 5.00 3.60 1.40 6 5.40 3.90 1.70 --- ------------------ ----------------- ------------------
请注意，在这两种情况下，它都会使用pandoc将markdown转换为您所需的文档types，但是使用style='rmarkdown'将创build与此markdown软件包兼容的表以及rstudio内置的转换。
只是想用我所做的事来更新这个。 我正在使用hwriter包来打印表格，并使用row.*和col.*function将CSS类放在不同的元素上。 然后，我写了自定义的CSS，使我的显示，因为我想它。 所以，这是一个例子，以防其他人处理类似的事情。
首先，创build一个文件来完成knitting ，并将Markdown更改为HTML：
FILE: file_knit.r #!/usr/bin/env Rscript library(knitr) library(markdown) knit("file.Rmd") markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")
接下来，创build实际的Markdown文件：
FILE: file.Rmd Report of Fruit vs. Animal Choices ================================== This is a report of fruit vs. animal choices. ```{r echo=FALSE,results='asis'} library(hwriter) set.seed(9850104) my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE), Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE)) tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2) tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1)) tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1)) colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL" rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL" # Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to # write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes # to the various table elements. cat(hwrite(tbl1, border=NA, table.class="t1", row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"), c("col_first","col","col","col","col_last"), c("col_first","col","col","col","col_last"), c("col_first","col","col","col","col_last"), c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last")))) ```
最后，只需创build一个自定义的CSS文件。
FILE: custom.css body { font-family: sans-serif; background-color: white; font-size: 12px; margin: 20px; } h1 {font-size:1.5em;} table { border: solid; border-color: black; border-width: 2px; border-collapse: collapse; margin-bottom: 20px; text-align: center; padding: 0px; } .t1 .header { color: white; background-color: black; border-bottom: solid; border-color: black; border-width: 2px; font-weight: bold; } .t1 .footer { border-top: solid; border-color: black; border-width: 2px; } .t1 .col_first { border-right: solid; border-color: black; border-width: 2px; text-align: left; font-weight: bold; width: 75px; } .t1 .col { width: 50px; } .t1 .col_last { width: 50px; border-left: solid; border-color: black; border-width: 2px; }
执行./file_knit.r给我file.html，看起来像这样：
所以，希望这可能会有助于其他谁想要在Markdown输出格式更多！
pander包中有一些function：
> library(pander) > pandoc.table(head(iris)[, 1:3]) ------------------------------------------- Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length -------------- ------------- -------------- 5.1 3.5 1.4 4.9 3 1.4 4.7 3.2 1.3 4.6 3.1 1.5 5 3.6 1.4 5.4 3.9 1.7 -------------------------------------------
做自己定制的function不是很难。 这是一个非常简单的概念certificate，用于生成data.frame的rmarkdown表：
rmarkdownTable <- function(df){ cat(paste(names(df), collapse = "|")) cat("\n") cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|")) cat("\n") for(i in 1:nrow(df)){ cat(paste(df[i,], collapse = "|")) cat("\n") } invisible(NULL) }
在.Rmd文件中，您将使用results = 'asis'的函数：
```{r, results = 'asis'} rmarkdownTable <- function(df){ cat(paste(names(df), collapse = "|")) cat("\n") cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|")) cat("\n") for(i in 1:nrow(df)){ cat(paste(df[i,], collapse = "|")) cat("\n") } invisible(NULL) } rmarkdownTable(head(iris)) ```
上面的代码会给你下面的图（在这个例子中，这是pdf输出，但由于表在markdwon中，所以你也可以把它编成html或word）。
从这里 – 读取其他人的代码 – 你可以弄清楚如何操作文本来生成你想要的表格，并创build更多的个性化function。
在markdown文档中使用knitr :: kable和xtable的组合。
library("knitr","xtable")
为一个简单的data.frame –
kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown") kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")
format="pandoc"允许更多的选项，如标题。
现在是模型总结的组合。
data(tli) fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli) kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")
为更多的select看看stargazer包而不是xtable 。
个人使用的例子
要在R中编写/创buildMarkdown表，还可以使用MarkdownReports的 MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames()或MarkDown_Table_writer_NamedVector()函数。 您只需传递包含维度名称的数据框架/matrix或带有名称的vector，然后使用Markdown格式parsing并写出表格。
