Tag: r markdown

如何在R markdown中使用Emacs ESS模式？: 有没有一种方法可以configurationEmacs，以便识别（并允许执行）R markdown（.Rmd）文件中的R代码块，类似于识别.Rnw（Sweave）或.org（org-mode）代码块的方式。文件？

包括一个与knitr交互的3Dgraphics: 使用knitr ，可以在Rmarkdown源文件的html文档中embedded一个rgl 3Dgraphics： “`{r setup} library(rgl) knit_hooks$set(rgl = hook_rgl) x <- sort(rnorm(1000)) y <- rnorm(1000) z <- rnorm(1000) + atan2(x,y) “` “`{r, rgl=TRUE} plot3d(x, y, z, col=rainbow(1000)) “` 但是3Dgraphics在html文档中不是交互式的。是否有可能获得交互式3Dgraphics？ rgl包的writeWebGL()函数创build一个交互式3Dgraphics的html文件，有没有办法直接包含这个html代码与Rmarkdown？否则，如何手动包含这个HTML代码？ 2013年6月24日更新以下是一个今天无法使用的示例（3Dgraphics不会显示在Chrome中）： Rmd源文件，这是非常基本的： “`{r setup} library(rgl) knit_hooks$set(webgl = hook_webgl) “` “`{r, webgl=TRUE} M <- rbind( c(0,0,0), c(-1,4,0), c(4,9,0), c(6,3,0) ) points3d(M,col='red') “` […]

数字标题，使用knitr的引用和markdown到html: 我正在写一个Rmd文件，由knitr处理成HTML。它包含一些生成数字的R块，它们以HTML中的数据URI的forms存储。 1）如何为这样的图像添加标题？我想要有一个像“图3：等等等等”的标题，其中“3”是自动生成的。 2）我以后如何引用这个图像，即“如图3所示，等等”。

rmarkdown：找不到pandoc：pdflatex: 当我使用渲染{rmarkdown}从Mac上的.Rmd文件生成pdf文件时，出现错误消息 pandoc: pdflatex not found. pdflatex is needed for pdf output. Error: pandoc document conversion failed 但是，当我检查 pdflatex -v 我有 pdfTeX 3.1415926-2.4-1.40.13 (TeX Live 2012) kpathsea version 6.1.0 Copyright 2012 Peter Breitenlohner (eTeX)/Han The Thanh (pdfTeX). There is NO warranty. Redistribution of this software is covered by the terms of both the pdfTeX copyright and […]

如何在Rmarkdown中添加目录？: 我正在使用RStudio编写markdown文档，并希望在文档顶部添加目录（TOC），以便用户可以单击相关章节进行阅读。在rpubs上有一些相关的例子，但现在我似乎无法find它们。请注意，我不使用pandoc而且对于Rmd ＆ knitr是相当新的。有没有办法添加TOC而不使用pandoc ？如果使用pandoc必须那么哪些function是相关的？编辑这里是一个小样本页面： — title: "Sample Document" output: html_document: toc: true theme: united — Header 1 ————— This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>. ## Header […]

如何在电子邮件正文中发送R markdown报告？: 更新：Brandon Bertelsen的回答：布兰登的答案产生了以下输出。它不会像Rstudio那样产生漂亮的表格或突出显示的代码，并且它会使用unicode在一些html文件上崩溃，所以我没有使用它来自动化我的电子邮件报告。我目前的做法是用Rstudio编译html，用chrome打开html文档，然后将html文档复制并粘贴到gmail中。这工作得很好，看到这个要点： https ： //gist.github.com/nelsonauner/a68b5a808c232ce7817e 原来的问题：有没有简单的方法来发送一个R markdown文档作为电子邮件的主体，这样的电子邮件的正文看起来类似于使用Rstudio的“编织HTML”的结果？这里有一个使用knitr ， rmarkdown和mailR的基本可重复的例子 example.Rmd — title: "Report for email" output: html_document: self_contained: no — “`{r} summary(cars) “` You can also embed plots, for example: “`{r, echo=FALSE} plot(cars) “` 我使用self_contained: no因为默认的base64编码不适用于mailR （Yihui在这个SOpost中推荐） knit_and_send.R # compile using rmarkdown library(rmarkdown) rmarkdown::render("example.Rmd") library(mailR) send.mail(from = "me@gmail.com", […]

Rstudio Rmarkdown：在一个PDF中，纵向和横向布局: 我想知道如何使用rmarkdown来生成在同一个文档中同时具有纵向和横向布局的pdf。如果有一个纯粹的rmarkdown选项，会比使用胶乳更好。这是一个小的，可重复的例子。首先，在RStudio中渲染这个.Rmd （按下Knit PDFbutton）将生成一个pdf格式，其中所有的页面都是横向布局： — title: "All pages landscape" output: pdf_document classoption: landscape — “`{r} summary(cars) “` \newpage “`{r} summary(cars) “` 然后尝试创build一个混合纵向和横向布局的文档。 YAML的基本设置是根据这里的“包含”部分完成的。 in_header文件“header.tex”只包含\usepackage{lscape} ，这是一个针对knitr横向布局的软件包。 .tex文件与.tex文件位于同一目录中。 — title: "Mixing portrait and landscape" output: pdf_document: includes: in_header: header.tex — Portrait: “`{r} summary(cars) “` \newpage \begin{landscape} Landscape: “`{r} summary(cars) “` \end{landscape} \newpage More portrait: “`{r} […]

如何将两个RMarkdown（.Rmd）文件合并成一个输出？: 我在同一个文件夹中有两个文件：chapter1.Rmd和chapter2.Rmd，包含以下内容： chapter1.Rmd — title: "Chapter 1" output: pdf_document — ## This is chapter 1. {#Chapter1} Next up: [chapter 2](#Chapter2) chapter2.Rmd — title: "Chapter 2" output: pdf_document — ## This is chapter 2. {#Chapter2} Previously: [chapter 1](#Chapter1) 我怎样编织这些文件才能将它们合并成一个pdf文件？当然， render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")可以正常工作，但render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")不会。我为什么要这样做？把一个巨大的文件分解成逻辑文件。我使用了@hadley的bookdown软件包来从.Rmd中构buildlatex，但是这对于这个特殊的任务来说似乎是过度的。 […]

用R markdown，knitr，pandoc，beamer绘制尺寸和分辨率: 默认情况下不适合幻灯片，甚至不能通过任何其他方式进行打印。下面是.Rmd：编辑：看来你必须在每个块中使用plot（）。第二个阴谋现在打印。 # Plot should show at high resolution “`{r echo=FALSE, comment = ""} # load some data require(plyr) rbi <- ddply(baseball, .(year), summarise, mean_rbi = mean(rbi, na.rm = TRUE)) “` “`{r} # plot plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi) “` # Second attempt “`{r, fig.width = 2, fig.height = […]

knitr / Rmd：n行/ n之后的分页符: 让我告诫说，这可能更适合作为一个HTML / CSS的问题，但（一）我不太熟悉这些技术和（二）我想保持在家庭（R家庭），如果可能的话。我想用knitr来编写使用Rmarkdown的学术风格报告（ APA 6types指南）。我有很多方面的工作，但不是分页。我可以手动设置分页符类似的东西： # report “`{r setup, include=FALSE} # set global chunk options opts_chunk$set(cache=TRUE) “` —— ## Page 1 “`{r plot1} plot(1:10, 1:10) “` —— ## Page 2 在下面.Rmd我想以编程方式设置n行/ n距离后的那些中断。那么我们来说说8英寸或者140线之后。 # report “`{r setup, include=FALSE} # set global chunk options opts_chunk$set(cache=TRUE) “` Initial Text. Yay! “`{r plot1} plot(1:10, […]