Tag: knitr

在Rmarkdown /编织隐藏R代码，只是显示结果: 在我的R markdown代码中，我有时只想生成一个报告而不显示实际的代码（特别是当我把它发送给我的老板的时候）。我怎样才能隐藏R代码，只显示graphics和结果例如 “`{r fig.width=7, fig.height=6} a<-as.numeric(some data) hist(a, breaks=24) “` 显示命令和直方图。我怎样才能从我的HTML报告中删除命令？

包括一个与knitr交互的3Dgraphics: 使用knitr ，可以在Rmarkdown源文件的html文档中embedded一个rgl 3Dgraphics： “`{r setup} library(rgl) knit_hooks$set(rgl = hook_rgl) x <- sort(rnorm(1000)) y <- rnorm(1000) z <- rnorm(1000) + atan2(x,y) “` “`{r, rgl=TRUE} plot3d(x, y, z, col=rainbow(1000)) “` 但是3Dgraphics在html文档中不是交互式的。是否有可能获得交互式3Dgraphics？ rgl包的writeWebGL()函数创build一个交互式3Dgraphics的html文件，有没有办法直接包含这个html代码与Rmarkdown？否则，如何手动包含这个HTML代码？ 2013年6月24日更新以下是一个今天无法使用的示例（3Dgraphics不会显示在Chrome中）： Rmd源文件，这是非常基本的： “`{r setup} library(rgl) knit_hooks$set(webgl = hook_webgl) “` “`{r, webgl=TRUE} M <- rbind( c(0,0,0), c(-1,4,0), c(4,9,0), c(6,3,0) ) points3d(M,col='red') “` […]

R knitr：可以以编程方式修改块标签？: 我试图用knitr生成一个报告，在一个数据集的不同子集上执行相同的一组分析。该项目包含两个Rmd文件：第一个文件是设置工作区和文档的主文档，第二个文件仅包含执行分析和生成相关数字的块。我想要做的是编织主文件，然后调用每个数据子集的第二个文件，并将结果包含在单个文档中。下面是一个简单的例子。主文件： # My report “`{r} library(iterators) data(mtcars) “` “`{r create-iterator} cyl.i <- iter(unique(mtcars$cyl)) “` ## Generate report for each level of cylinder variable “`{r cyl4-report, child='analysis-template.Rmd'} “` “`{r cyl6-report, child='analysis-template.Rmd'} “` “`{r cyl8-report, child='analysis-template.Rmd'} “` 分析-template.Rmd： “`{r, results='asis'} cur.cyl <- nextElem(cyl.i) cat("###", cur.cyl) “` “`{r mpg-histogram} hist(mtcars$mpg[mtcars$cyl == cur.cyl], main = […]

如何使用knitr导入本地图像进行降价: 我有一个本地目录中的外部创build的PNG图像，我想用knitr导入到一个报告。最终目标文件types是html。当我用R代码创build自己的数字时，我没有任何问题，但是我不知道该怎么想是一个简单的问题。当我在这，我怎么会导入一个我有一个url的数字？

数字标题，使用knitr的引用和markdown到html: 我正在写一个Rmd文件，由knitr处理成HTML。它包含一些生成数字的R块，它们以HTML中的数据URI的forms存储。 1）如何为这样的图像添加标题？我想要有一个像“图3：等等等等”的标题，其中“3”是自动生成的。 2）我以后如何引用这个图像，即“如图3所示，等等”。

knitr：如何防止文本在输出中打包？: 编织到HTML时，我遇到了文本在knitr代码输出块中的包装问题。例如，如果我运行以下： matrix(rnorm(60, 5, 2), ncol = 12) 在HTML中的输出将包装表，给出这样的输出，其中第12列被移动到其余的下方： ## [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] ## [1,] 3.407 0.8035 2.981 5.269 6.989 5.107 7.143 3.127 3.624 7.220 4.805 ## [2,] 3.907 5.5971 5.488 4.995 6.496 5.980 1.576 3.009 6.605 3.440 2.754 ## [3,] 1.945 3.7668 4.860 2.945 3.663 5.945 […]

knitr被data.table`：=`赋值所欺骗: 看起来knitr不明白DT[, a:=1]不应该导致文档的DT输出。有没有办法阻止这种行为？示例knitr文件： Data.Table Markdown ======================================================== Suppose we make a `data.table` in **R Markdown** “`{r} DT = data.table(a = rnorm(10)) “` Notice that it doesn't display the contents until we do a “`{r} DT “` style command. However, if we want to use `:=` to create another column “`{r} DT[, c:=5] “` It would […]

如何在电子邮件正文中发送R markdown报告？: 更新：Brandon Bertelsen的回答：布兰登的答案产生了以下输出。它不会像Rstudio那样产生漂亮的表格或突出显示的代码，并且它会使用unicode在一些html文件上崩溃，所以我没有使用它来自动化我的电子邮件报告。我目前的做法是用Rstudio编译html，用chrome打开html文档，然后将html文档复制并粘贴到gmail中。这工作得很好，看到这个要点： https ： //gist.github.com/nelsonauner/a68b5a808c232ce7817e 原来的问题：有没有简单的方法来发送一个R markdown文档作为电子邮件的主体，这样的电子邮件的正文看起来类似于使用Rstudio的“编织HTML”的结果？这里有一个使用knitr ， rmarkdown和mailR的基本可重复的例子 example.Rmd — title: "Report for email" output: html_document: self_contained: no — “`{r} summary(cars) “` You can also embed plots, for example: “`{r, echo=FALSE} plot(cars) “` 我使用self_contained: no因为默认的base64编码不适用于mailR （Yihui在这个SOpost中推荐） knit_and_send.R # compile using rmarkdown library(rmarkdown) rmarkdown::render("example.Rmd") library(mailR) send.mail(from = "me@gmail.com", […]

在Sweave中是否有一个等同于\ Sexpr {}的R Markdown？: 在\Sexpr{}使用R Markdown是否有相当于Sweave中的\Sexpr{} ？

如何使用source（'myfile.r'）来源化R Markdown文件？: 我经常有一个主要的R Markdown文件或者编辑LaTeX文件，我从其他R文件（例如，用于数据处理）中获取source文件。但是，我认为在某些情况下，将这些源文件作为自己的可再生文档（例如，R Markdown文件不仅包括用于数据处理的命令，而且还产生解释数据处理的可重现文档决定）。因此，我想在我的主R Markdown文件中有一个类似source('myfile.rmd')的命令。这将提取和源代码myfile.rmd的R代码块内的所有R代码。当然，这会导致错误。以下命令工作： “`{r message=FALSE, results='hide'} knit('myfile.rmd', tangle=TRUE) source('myfile.R') “` 如果需要输出， results='hide'可以省略。即，knitr将myfile.rmd的R代码输出到myfile.R 。但是，这似乎并不完美：它会导致创build一个额外的文件如果需要控制显示，它需要出现在它自己的代码块中。它不像简单的source(…)那样优雅。因此，我的问题：是否有一个更优雅的方式来源R R Markdown文件的R代码？