当我的ggplot2语法合理时，如何处理R CMD检查“全局variables没有可见的绑定”注释？
编辑：哈德利·韦翰指出，我错过了。 R CMD检查是抛出NOTES，而不是警告。 我非常抱歉的混淆。 这是我的疏忽。
简短的版本
R CMD check每次在ggplot2中使用合理的绘图创build语法时都会抛出此注释：
no visible binding for global variable [variable name]
我明白为什么R CMD检查是这样做的，但是它似乎正在将整个语言的句法进行定罪。 我不确定要采取什么措施让我的包裹通过R CMD check并获得CRAN的录取。
的背景
Sascha Epskamp以前发布了基本上相同的问题 。 我认为，区别在于subset()的manpage 表示它是为交互使用而devise的 。
在我的情况下，这个问题不在subset()而是在ggplot2一个核心特性上： data =参数。
我写的代码生成这些笔记的一个例子
以下是我的包中的一个子函数 ，它为曲线添加了点：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) { return( geom_point( aes( x = x.values, y = y.values ), data = data, position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj)) ) ) }
R CMD check ，parsing这个代码，会说
granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for global variable 'x.values' granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for global variable 'y.values'
为什么R CMD检查是正确的
检查技术上是正确的。 x.values和y.values
- 没有在函数
JitteredResponsesByContrast()本地定义 - 在全局或调用者中，都不是以
x.values <- [something]的forms预定义的。
相反，它们是先前定义的dataframe中的variables，并传递给函数JitteredResponsesByContrast() 。
为什么ggplot2难以安抚R CMD检查
ggplot2似乎鼓励使用data参数。 数据参数，大概是这个代码执行的原因
library(ggplot2) p <- ggplot(aes(x = hwy, y = cty), data = mpg) p + geom_point()
但是这段代码会产生一个对象未find的错误：
library(ggplot2) hwy # a variable in the mpg dataset
两个解决方法，为什么我都不满意
空出策略
Matthew Dowlebuild议首先将有问题的variables设置为NULL，在我的情况下看起来像这样：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) { x.values <- y.values <- NULL # Setting the variables to NULL first return( geom_point( aes( x = x.values, y = y.values ), data = data, position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj)) ) ) }
我很欣赏这个解决scheme，但我不喜欢它有三个原因。
- 除了安排
R CMD check之外，它没有其他用途。 - 它并不反映意图。 它提出了
aes()调用将会看到我们现在为NULL的variables（它不会）的期望，同时掩盖了真正的目的（使得R CMD检查意识到它显然不会知道的variables被绑定） - 1和2的问题相乘，因为每次你写一个返回一个plot元素的函数时，你都必须添加一个混淆的NULLing语句
with（）策略
你可以with()一起使用来明确地表示有问题的variables可以在更大的环境中find。 在我的情况下，使用with()看起来像这样：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) { with(data, { geom_point( aes( x = x.values, y = y.values ), data = data, position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj)) ) } ) }
此解决scheme工作。 但是，我不喜欢这个解决scheme，因为它甚至不能像我期望的那样工作。 如果with()真的解决了将解释器指向variables的地方，那么我甚至不需要 data =参数。 但是， with()不能这样工作：
library(ggplot2) p <- ggplot() p <- p + with(mpg, geom_point(aes(x = hwy, y = cty))) p # will generate an error saying `hwy` is not found
所以，我认为这个解决scheme与NULLing策略有类似的缺陷：
- 我仍然需要通过每个plot元素函数，并
with()调用来包装逻辑 -
with()调用是误导性的。 我仍然需要提供一个data =参数; 所有with()做的都是安抚R CMD check。
结论
我看到的方式有三种select：
- 大厅CRAN通过争辩他们是“虚假的”（根据CRAN政策 ）忽略笔记，并且每次我提交一个包裹
- 用两个不希望有的策略之一修正我的代码（NULL或
with()块） - 呃，真的很大声，希望问题消失
三者中没有一个让我开心，我想知道人们build议我（和其他软件包开发人员想要使用ggplot2）应该做什么。 感谢所有提前。 我真的很感激你通过这个阅读:-)
你用aes_string而不是aes来aes_string吗？ 这应该工作，虽然我还没有尝试过：
aes_string(x = 'x.values', y = 'y.values')
你有两个解决scheme：
-
重写你的代码，以避免非标准的评估。 对于ggplot2，这意味着使用
aes_string()而不是aes()（如Harlan所述） -
添加一个调用
globalVariables(c("x.values", "y.values"))在你的包的顶层。
提交给CRAN时，您应该在包装中争取0注释，即使您必须做一些有点冒险的事情。 这使得CRAN的生活更轻松，而且更容易。
（2014-12-31更新，以反映我对此的最新想法）
这个问题刚才已经被问到和回答了，但是从aes_(x=~x.values,y=~y.values).还有另一种解决方法： aes_(x=~x.values,y=~y.values).
如果
getRversion() >= "3.1.0"
您可以在软件包的顶层添加一个呼叫：
utils::suppressForeignCheck(c("x.values", "y.values"))
从：
help("suppressForeignCheck")
