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在S4中的对象，方法和编程的来源: 由于我经常遇到需要进行S4编程的情况，所以我已经收集了很多关于S4对象，方法和编程的资料。我把它们列在这里作为参考。请添加您自己的来源。在网上这些methods帮助文件：来自包方法的帮助文件，其中可以find许多必要的信息在15页的S4类：简短介绍与S4对象的编程。 S4方法是如何工作的：更多关于底层机制的解释。对S4的简短介绍：用实际的例子来说明如何构build类和一些有用的技巧。它包含一个方便的概述作为附录，但也包含错误。应该小心使用这一个。 R中的面向对象：S3和S4上的实例 S4对象：Thomas Lumley关于S4对象的介绍。 R面向对象编程：深入介绍R中面向对象编程。它涵盖了S3，S4和S4参考类。随附的序列包实现了整个幻灯片中使用的类系统。图书数据分析软件 – 与R编程（J.Chambers）：一个经典的，虽然没有审查积极的地方，其中包含了一个关于S4 R编程生物信息学（R. Gentleman）：专门针对与完全基于S4的Bioconductor合作。但它提供了一个广泛的概述，也是很多其他人有用的。 PS：如果有人find社区checkbox，可以将其设为社区拥有的post。不知何故，我无法再在编辑窗口中find它…

R在setMethod（或setGeneric）中有太多参数时挂起，: 基本上，当setMethod或（ setGeneric ）中有很多参数时，它的工作速度非常慢。这里是一个基本的例子： setClassUnion(name = "mNumeric", members = c("missing", "numeric")) setClass(Class = "classA", representation = representation(ID = "character")) setGeneric("foo", function(r, i, …, m = 1, D = 1, U = 999, K = 0.005, E1 = -5, E2 = 5, E3 = 1, E4 = 1, E5 = 1, E6 = 1, A1 = […]

为什么对于一个整数向量x，as（x，“numeric”）会触发加载一个额外的S4强制方法？: 虽然我的问题与最近的问题有关，但我怀疑它的答案将与R的S4对象系统的详细工作有关。我期望的是：（ TLDR; – 所有的迹象表明， as(4L, "numeric")应该派遣到一个函数的身体使用as.numeric(4L)将其转换为"numeric"向量。每当使用as(object, Class)将对象转换为所需的Class ，实际上是触发了一个coerce()的幕后调用。 coerce()又有一堆方法，它们是根据函数调用的签名来调度的 – 这里是第一个和第二个参数的类。要查看所有可用的S4 coerce()方法的列表，可以运行showMethods("coerce") 。这样做表明只有一种转换为"numeric"类的方法。这是签名from="ANY", to="numeric" ： showMethods("coerce") # Function: coerce (package methods) # from="ANY", to="array" # … snip … # from="ANY", to="numeric" # … snip … 该方法使用as.numeric()来执行转换： getMethod("coerce", c("ANY", "numeric")) # Method Definition: # # function (from, to, strict = […]

如何使用roxygen2正确loggingS4方法: 我已经在SO和其他地方看到了一些关于Roxygen2未来版本应该如何实现的讨论。但是，我卡住了。我应该如何使用Roxygen2来logging一个S4generics以及它的方法？一个全新的通用/方法的工作示例，以及扩展基本S4通用的例子将是非常有用的。我不想为同一个通用的每个S4方法做单独的（大部分）冗余文档。尽职调查：我已经find了“提取”方法的一个有用的例子。但是，我的问题似乎已经过时和不完整。它在类文档中使用@slot标签，不支持（不再支持）。它只显示了核心S4方法的扩展“[”，而不是一个完整的Roxygen例子，包括S4通用的文档。如何正确loggingS4“[”和“[< – ”使用roxygen的方法？如果我完整地logging了一个带有标题的新的S4generics，描述@param @return @name @aliases @docType @rdname ，然后用相应的@name @aliases @docType @rdnameloggingS4方法，我得到下面的R CMD check警告： * checking for missing documentation entries … WARNING Undocumented S4 methods: << long list of apparently undocumented methods. Eg generic 'plot' and siglist 'myClass1,ANY' >> All user-level objects in a package […]

当扩展其他包的S4方法时，Rd文件名会发生冲突: 实际的问题如何避免Rd文件名称冲突一个S4generics和它的方法不一定全都在同一个包中定义（包含（一些）定制方法的包依赖于包含generics的包）使用roxygenize()包中的roxygenize()生成实际的Rd文件？我不确定这是一个roxygen2问题还是一个普通的问题，当generics和它的方法分散在不同的包（如果你遵循一个模块化的编程风格，一般来说，恕我直言，一定是一个现实的用例场景）。 build议如何处理这些情况？插图在包pkga 假设在包pkga你定义了一个通用方法foo ，并且你已经提供了roxygenize()拾取的相应roxygen代码来生成Rd文件： #' Test function #' #' Test function. #' #' @param … Further arguments. #' @author Janko Thyson \email{janko.thyson@@rappster.de} #' @example inst/examples/foo.R #' @docType methods #' @rdname foo-methods #' @export setGeneric( name="foo", signature=c("x"), def=function( x, … ) { standardGeneric("xFoo") } ) 当roxygenizing()你的包时，一个名为foo-methods.Rd的文件被创build在man子目录中，作为可能为这个generics方法创build的所有方法的参考Rd文件。到现在为止还挺好。如果这个通用的所有方法也是你的包的一部分，一切都很好。例如，这个roxygen代码将确保将文档添加到foo-methods.Rd用于foo-methods.Rd的ANY方法： #' […]

R：什么是老虎机？: 有谁知道什么是在R插槽？我没有find它的意义的解释。我得到一个recursion的定义：“槽function返回或设置对象的单个插槽的信息” 帮助将不胜感激，谢谢 – 胡同

什么时候能在R编程中使用S4方法？: 我在专业环境下定期在R编程，并为客户或同事编写软件包。这里的一些程序员有一个Java背景，并坚持使用S4方法做所有面向对象的方法。另一方面，我的经验是，S4的实现往往performance得更差，并且在试图让代码做你想做的事情时会引起更多的头痛。我绝对同意，在某些情况下，您必须能够以受控方式构造复杂对象或追加现有对象。但大多数情况下，S4实现可以很容易地使用经典列表来完成，而没有像定义标准generics，方法，构造函数，初始化程序等这样的麻烦。你什么时候考虑为R编写S4实现？编辑：为了清楚起见，我很欣赏答案和有关面向对象的一般讨论在OOP可以在R中以多种方式完成，但我的问题是真正针对使用S4方法的附加价值具体。

如何使用Roxygen2正确loggingS4类插槽？: 为了用roxygen（2）logging类，指定标题和描述/细节看起来与函数，方法，数据等相同。然而，插槽和inheritance是它们自己的一种动物。目前或计划的最佳做法是如何loggingroxygen2中的S4课程？尽职调查：我在早期的roxygen描述中发现了一个@slot标签。 2008 R-forge邮件列表post似乎表明这已经死了，并且在@slot中不支持@slot： roxygen2是真的吗？前面提到的postbuild议用户应该用LaTeX标记制作自己的分项列表。例如，扩展"character"类的新的S4类将被编码和logging如下： #' The title for my S4 class that extends \code{"character"} class. #' #' Some details about this class and my plans for it in the body. #' #' \describe{ #' \item{myslot1}{A logical keeping track of something.} #' #' \item{myslot2}{An integer specifying something else.} #' #' \item{myslot3}{A […]