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我怎样才能阻止Filezilla改变我的linebreaks？

我正在从Linux Web服务器下载一个perl CGI文件。 它有Unix的线程断点。 我用一台像样的文本编辑器（Geany）在Windows PC上进行编辑，保留了这些换行符。 然后我用Filezilla再次上传它，它有DOS linebreaks，它停止工作。 我知道这是Filezilla，而不是Geany，因为即使我只是下载它，然后重新上传，问题就会重演。 Filezilla每次询问我是否可以上传本地文件（3611）字节并覆盖远程文件（3753字节），这些数字之间的差异就是我文件中的行数。 但是当我这样做时，服务器上的一个是3753字节重新又不起作用。 我正在通过代理服务器，可能是一个因素？ 真奇怪的是我在另外一台XP电脑上做了同样的事情，而且没有问题。 而且命令行FTP也可以正常工作。